危機管理部は、総務課と危機管理課の２課で構成されています。

総務課は、庶務、予算、経理及び財産管理事務等を行い、危機管理課は、研究課題、研修、講演会等の企画調整業務、健康危機に際し、窓口となり研究部門間の調整等を行う危機管理対応業務、県立食品衛生検査施設の点検並びに精度管理を行う信頼性確保業務及びホームページ等を通じた情報発信業務などを行っています。